Ziektebeheer in de biologische landbouw is vaak afhankelijk van ingebouwde resistenties en robuuste rassen. Deze rassen zijn sterk, en zijn zo gekweekt om ziektes en het Nederlandse klimaat te weerstaan. Verder is de kwaliteit van het uitgangsmateriaal (zaden en plantgoed) erg belangrijk om ziektes buiten de deur te houden. Tegen schimmelziektes zoals de gevreesde phytophtora in aardappelen helpt het om het gewas te planten met meer ruimte tussen de planten, zodat er meer ventilatie is en de schimmels zich moeilijker kunnen ontwikkelen. Tijdens de teelt is het belangrijk om te zorgen dat het gewas geen tekorten ondervindt, zodat de planten sterk en weerbaar zijn. Gedurende het seizoen moet het gewas nauwlettend in de gaten te houden om een eventuele ziekte al in een vroeg stadium te signaleren. Dan kan de haard verwijderd worden en kan de ziekte zich niet verder verspreiden.