In de biologische landbouw is voorkomen beter dan genezen. Dat geldt ook voor plaagbeheersing. Vroege ontdekking van een plaag kan een hoop schade voorkomen. Om plagen te voorkomen zijn raskeuze, zaaitijdstip, bodembeheer en natuurlijke vijanden het gereedschap dat ingezet wordt. Soms is dit eenvoudig, bijvoorbeeld het later zaaien van peen om de wortelvlieg te ontlopen. Soms is het ingewikkelder, zoals het aanleggen van akkerranden om natuurlijke vijanden van plagen te lokken. Een bekend voorbeeld hiervan zijn de lieveheersbeestjes, die zich te goed doen aan de schadelijke luizen. Desondanks is het volledig voorkomen van aantasting door plagen niet haalbaar. Ook insecten en micro-organismen hebben in ons ecosysteem een plaats. Vaak is een zekere hoeveelheid schade ook niet erg, omdat de natuur veerkrachtig is en de gewassen zichzelf weten te herstellen.